玛扎伯哈石窟位于阿克苏库车城东北30公里处的沙土原上。在维吾尔语中，“玛扎”是“坟”，“伯哈”是“园子”，合起来是坟园的意思，原来这个村确有一个大坟园。玛扎伯哈石窟的名称正是来自这个村名，因为两者的距离十分近，石窟就在村西南不到500米处的山坡上。

从地理位置上看，玛扎伯哈石窟位于克尔希村的东南，而森木塞姆石窟则位于克尔希村的西北，两个石窟隔克尔希村遥遥相望。在它们中间有一条通过克尔希村的马车道，路旁古树参天，这条车道一直走便可到达克孜求哈石窟。

目前的玛扎伯哈石窟已成为整个龟兹石窟群中最残破的一处。在己编号的44个洞窟，24号141号和42号窟已经全部塌坏，另外有9个窟因残破太甚，只见一个个窟窿，无法辨别窟形。能看到比较完整的洞窟中，尚保存壁画的洞窟只有5个。这与玛扎伯哈石窟建造在质地松散的沙土原上有关。

从库车城出发，向东沿着库车去乌鲁木齐的公路行约20公里，转向正北，再行10多公里，便到达克尔希村。由此转向东北，行约5公里，即是玛扎伯哈村。